为贯彻十五大精神，落实中宣部、教育部有关文件精神，全国考办下发文件，调整了自考公共政治课课程设置。
新的课程设置方案参照普通高校“两课”课程设置及基本内容，结合自考特点，规范了课程设置，使之适合自学。同时注意与现在开设的公共政治课的过渡与衔接。
高教自考公共政治课课程设置分三种。一是专科和本科（基础科段）的设置，含“马克思主义哲学原理”（3学分）、 “邓小平理论概论”（3学分） 以及“法律基础与思想道德修养”（2学分）；二是本科（本科段）和独立本科段经济类专业的设置，含“毛泽东思想概论”（2学分）；三是本科（本科段）和独立本科段非经济类专业的设置，含“毛泽东思想概论”（2学分）、 “马克思主义政治经济学原理”（3学分）。
“形势与政策”的内容将列入“邓小平理论概论”课程考试大纲，并在考试中占10%的分数。每年4月份考试范围为上年9月1日至当年2月底的国内外时事，每年10月份考试范围为当年3月1日至8月31日的国内外时事。
在时间安排上，1999年为实施新的公共政治课设置方案的过渡期，从2000年上半年考试开始，考生将参加新的公共政治课课程考试。
对于现行课程与改革后的课程衔接问题，全国考办规定：
1.专科和本科（基础科段）的考生，凡公共政治课已达8学分的，不再参加新的公共政治课程的考试；只通过“哲学”课程考试的考生，须参加“邓小平理论概论”和“法律基础与思想道德修养”课程的考试；只通过“政治经济学”课程考试的考生，须参加“马克思主义哲学原理”和“法律基础与思想道德修养”课程的考试。从2000年起报名参加专科和本科（基础科段）自考的新考生，须按照改革后的新课程方案，参加公共政治课的学习与考试。
2.本科（本科段）和独立本科段的考生，凡公共政治课已达4学分的，不再参加新课程的考试。凡未通过“中国革命史”课程考试的考生与新报名参加本科（本科段）和独立本科段自考的考生，须按照改革后的新课程方案，参加公共政治课的学习与考试。