机关对应归档的文件按照《规则》提出的“遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系，区分不同价值，便于保管和利用”的原则，进行整理，这对于机关公文处理工作和档案工作都具有重要意义，主要有以下几个方面：
1.归档文件整理能够保持文件之间的有机联系，便于文件的查找利用。在机关的日常工作中，文件总是一份一份地形成的。应当说，每一份文件既是独立的，有它特定的使命和作用，这是文件的个性方面；同时，我们也要看到，在进行同一项工作，或者处理同一个问题的过程中所形成的许多份文件，它们之间必然具有一定的内在联系，这就是文件的共性方面。比如，建设一项工程、处理一次事故或召开一次会议，都要形成一系列的有密切联系的文件材料。将这些文件以“件”为单位进行装订，分类、排列（按事由结合时间、重要程度等排列）编号、编目与装盒，使之有序化。也就是将具有查考利用价值的全部文件材料按照它们之间的相互联系齐全、完整地加以整理和保存，这样才便于对文件的查找利用。
文件材料如果不经过整理，那必然是一种杂乱无章、乱堆乱放，无规律可循的无序状态，查找起来就非常困难。常常是找到一些材料，又不甚完整。例如找到了请示，又不见批复；找到了问函，又不见复函；找到了一份会议文件，会议的其他重要文件不知在哪里，等等。这样，就得多花一些研究考证的工夫，有时甚至考证不清。其结果就必然会影响工作的顺利进行，更谈不上提高机关工作效率了。
2.归档文件整理可以维护文件的完整与安全，也便于文件的保管。《规则》规定归档文件整理以“件”为单位，这同传统的立卷方法将文件材料按其形成规律和保存价值组成“案卷”相比，其整理过程是大为简化了。但是以“件”为单位，并不是说任其零散堆放的自然状态，而是以“件”为单位进行整理，其整理原则和质量要求同过去立卷一样，是非常严格的。如在质量方面要求归档文件齐全完整，已破损的文件应予修整，字迹模糊或易褪变的应予复制。以“件”为单位进行装订，规定正本与定稿为一件，来文与复文可为一件，这就保持了文件之间的有机联系，然后进行分类、排列、编号、编目、装盒，使每一份文件材料都有一个固定的位置，防止了文件材料的散失。同时，以“件”为单位查阅利用，可以有效地控制文件，防止文件失密。因此，对归档文件进行整理是维护文件的完整与安全和保管文件的重要措施。
3.归档文件整理为档案工作奠定了基础。机关文书处理部门将已经办理完毕的文件进行整理（立卷）才能最后完成公文处理工作，整理好的文件向机关档案室移交以后，文件就从发挥现行效用转入到备作查考作用。也就是说，从现行的公文运转处理阶段转入到档案管理阶段。
文件的整理（立卷），是机关的公文处理工作与档案工作的交接环节，它既是公文处理工作的最后一道程序，又是档案工作的起点。所以人们把它称之为文书工作与档案工作的“结合部”。
文件材料以归档为界，归档之前是文件，归档以后是档案。通过对文件进行整理（立卷），机关各部门每年都要形成相当数量的归档文件，这些归档文件就是机关档案室档案的来源，其中那些属于永久保存的归档文件，经过若干年为本机关查考利用后，还需要向有关档案馆移交，为社会提供利用。
由此可见，归档文件整理（立卷）的质量如何，对档案工作具有极大的影响，或者说，直接影响到档案室、档案馆的工作质量，如归档的文件是否齐全完整，按“件”装订和分类，排列等是否符合要求，保管期限的划分是否恰当。所以说，文书处理部门做好归档文件的整理（立卷）工作，就是为档案工作打下了良好的基础。