《办法》第三十八条规定：“公文办理完毕后，应当根据《中华人民共和国档案法》和其他有关规定，及时整理（立卷）、归档。”
这一规定同以前的《办法》相比，是将立卷二字加上了括号，这就是说，对我国沿用多年的公文整理方法“立卷”将进行改革。2000年12月6日，国家档案局颁布了《归档文件整理规则》（中华人民共和国行业标准DA/T22-2000） （以下简称《规则》） 《规则》指出，归档文件整理是指“将归档文件以件为单位进行装订、分类、排列、编号、编目、装盒，使之有序化的过程。”《规则》还规定了归档文件整理的原则要求和方法步骤，它的适用范围是各级机关、团体和其他社会组织。
《规则》是国家档案局颁布实施的新时期档案工作标准化文件，是对传统档案工作的一项重要改革，同时，也对文书处理部门和承办部门的公文整理（立卷）和归档工作提出了新的要求。各级机关、团体和其他社会组织的文书处理部门和承办部门都应当在《规则》的指导下，按照新的文件整理方法，对其在职能活动中形成的、办理完毕、应作为文书档案保存的各种纸质文件材料进行整理（立卷）和归档。
从上世纪五十年代开始，我国各级机关、社会组织的文书部门整理与保存文件的重要方法是“立卷”。它是将已经办理完毕的，具有一定查考利用价值的文件材料，按照它们在形成过程中的联系和一定的规律组成案卷。将“案卷”作为文书档案的基本保管单位，这已经形成了我国传统的文书档案的整理方法。而《规则》则以“简化整理、深化检索”为宗旨，对传统的立卷方法进行了重大改革，取消“案卷”，推行“文件级”整理，免除了繁琐、复杂的组卷过程，大幅度简化了整理工作中的手工操作，为归档文件整理手段的创新创造了良好的条件。