质疑颠覆，是指对原有学术观点，甚至是权威认识的质疑反思，甚至是否定颠覆。有些学术问题随着时间的推移，随着新材料、新理论、新方法的出现，会出现与此前完全不同的新认识，甚至是颠覆性的新认识，这类选题的极致即所谓“翻案文章”。完善发展与质疑颠覆都源自人的认识的发展变化，不过完善发展侧重从正面补充深化，而质疑颠覆则侧重从反面解构重建。质疑颠覆类选题需要有能纠正或推翻既有定论的过硬材料，以及新的研究视角及方法。
例如，齐森华等的《“一代有一代之文学”论献疑》，敢于质疑“一代有一代之文学”这一20世纪中国文学研究中重要的学术命题，而大胆质疑的勇气来自丰富翔实的有说服力的材料证据。文章通过大量材料的整理分析，在指出这一观念对中国文学史观的建构产生深远影响的同时，更着重说明其理论局限和对文学研究的负面影响，令人信服地指出这个传统而又权威的观念阻碍了古典文学研究的繁荣发展，应该暂时“悬置”。
又如，谭帆《“演义”考》，作者在阅读研究明清两代小说史料中，发现“演义”一词的使用长期以来存在错误，其用法跟中国小说史的实际情形相左，作者运用大量翔实的材料，通过缜密的分析，对“演义”一词的用法和含义详加考辨，得出科学结论：
1.“演义”源远流长，有“演言”与“演事”两个系统，“演言”是对义理的通俗化阐释，“演事”是对正史及现实人物故事的通俗化叙述。
2.“演义”一词在小说领域，是一个小说文体概念，指称通俗小说这一文体，而非单一的小说类型概念，故在小说研究中，以“历史演义”直接对应“演义”的格局应有所改变，“历史演义”仅是演义小说的一个组成部分。3.“演义”在历史小说领域，其最初的含义是“正史”的通俗化，所谓“按鉴演义”，但总体上已越出这一界限。
最终正本清源，还“演义”以本来面目。