确定了论点论据和研究方法之后，还要思考中心论点和各个层面分论点的排列组合，也就是设计论文的逻辑线索与结构框架。论文的写法不同于教材，不能只是简单罗列研究成果，而是要在文章中显示出研究思路逐步展开的顺序和线索。有些文章内部缺乏逻辑联系，前后论述没有关联，好像中药店，党参、黄芪、枸杞等各种药材各放一个抽屉，互不相关，这样的文章往往缺少活力，会很沉闷。因此，要讲究文章的逻辑性，文章各个段落之间要有逻辑联系，有过渡性的论述衔接前后内容。要注意每个分论点前后的逻辑联系。重要的分论点可以作为文章的小标题。
文章头绪纷乱，条理不清，常常是因为思路不清。在理清思路的同时，还可采用一种易于操作的办法：在文章中注意突出核心概念的位置。要让文章的核心概念贯穿全篇，不断显示它的存在，不让它被大段的论述淹没。中心论点放在文章的开头，各层的分论点放在每一部分的起始段，并在每一部分和全文的结尾处与之呼应。通过这种形式上的安排，使文章的中心论点与分论点得到凸显，使文章变得眉目清楚。
温儒敏指出：“通常这是比较难的一步，所谓可操作的思路，主要就是在这个时候理出来，所以用的时间不妨多一点，考虑周到一点。因为一开始头绪往往比较乱，初学论文写作者可以设想自己是在考虑如何用最简洁的几段话，把研究的思路告诉你的同学朋友。先说哪些，后说哪些，都力求适当安排得让人能听懂。这就是化繁为简，纲举目张，把论述层次结构设计出来了。先清理出思路的线索和组成这线索的几个重要的‘点’，然后再不断充实和论证这些‘点’的存在及其与中心观点的关系，文章才能写成。”