尽管疲倦不断增加，斯宾塞继续写作。1858年，他开始了一个涵盖他整个演变哲学在和法律进展的大项目。他希望慢慢增加出版量以便能维护他长时期的生计，但他再无法透过定期发表来巩固任何出版者的关系。幸运地，斯宾塞在这时间得到英国的知识分子的爱戴，并且得到了他理论著作的私人订购名单，那便资助了他的生活和工作上的开支。在众多知识分子当中，包括了受人尊敬的英国哲学家－汤马士·亨利·赫胥黎，是他介绍斯宾塞加入“X会所”－是云集一些受人尊敬的思想家的晚膳会所，其中一些思想家后来更成为皇家学会的主席。会员包括：哲学家约翰·道耳、银行家／考古学家约翰·鲁布克爵士、查尔斯·达尔文等等。透过这个组织，斯宾塞才能在科学家圈子中心出现，并保障他的评论得到了有力的听众。
1862年，斯宾塞出版《第一项原则》。它是现实中所有领域的根本准则的演变理论的展示。正是他早期理论的基础信念。根据他的定义，演变是个不断延续的过程，事物不断改进为复杂和连贯的形式。这是斯宾塞哲学的主炮－是演变的一个已发展连贯架构的定义。在这一刻，他获得国际声誉及高度尊敬。他对人类立足于自然界的观点是非常有影响力并得到广泛认同。特别要指出一点，当他对各个科学有兴趣的时候，他从未愿意专注在一个领域内的研究，并很少参加科学实验或调查。可能是因为他拥有丰富学识及很少专攻一科。这使他的观点及著作容易理解并受到欢迎。他在“X会所”里被称呼为“详尽的斯宾塞”，是因为他对课题钻研的深度。
1896年完成了他自己所构想的《综合哲学》体系。《综合哲学》体系的形成，使斯宾塞成了英国实证主义哲学的集大成者，成了第一代实证主义哲学流派中的最大的，也是最后一位杰出代表人物。这为斯宾塞赢得了极大的殊荣，被誉为“维多利亚时代英国的亚里士多德”。斯宾塞也因之先后获得了剑桥大学、爱丁堡大学、布达佩斯大学、波伦亚大学和圣安德鲁大学的博士学位，并被罗马科学院、巴黎科学院等近十个科学院聘任为国外院士或通讯院士。1902年，他被提名竞逐诺贝尔文学奖。
1903年12月8日卒于苏塞克斯郡。
斯宾塞禀承并发展了法国资产阶级哲学家和社会学家孔德的实证主义哲学思想和庸俗进化论的社会政治思想。斯宾塞认为，哲学应该像自然科学那样，以事实和经验为依据。事实和经验永远只能表达现象领域，而不能反映事物的本质和内在规律性。正是借助于观察和实验的方法，自然科学的知识才是可行的，因而也才能成功地运用于人类实践的各个领域之中。自然科学的知识之所以正确，正在于它遵从人的主观感觉经验的限制，而只描述事物和经验的表象，不去侈谈诸如事物的本质及其内在规律性之类的不可实证的形而上的东西。因此，真正的哲学应该是实证哲学，它的任务不在于揭示世界的本质，而在于搜集和综合整理各门科学的原理，描述和记录自然过程和社会过程的表象及其相互关系，从而为人们提供科学的分类和各门科学的一般方法。正是通过将哲学的研究领域严格规范于事实和经验的范围内，通过使哲学与科学的携手调和，才使得实证哲学不再涉足形而上方面的虚无领域，从而成为凌驾于唯物主义与唯心主义之上的科学的哲学，使得哲学上的路线斗争宣告结束。因此，实证哲学体现了人类的最高智慧。但是，事实上，实证哲学只能导致不可知论，并为神学的存在留下一席之地，斯宾塞曾援引英国的生物学家赫胥黎的话说：“真正的科学和真正的宗教是双生姊妹，把一个从另一个分开，一定会使双方死亡。”可见，实证哲学最终必然陷入唯心主义的泥潭。
在社会政治思想上，斯宾塞将生物学家达尔文的生物进化论引入社会领域，用以解释社会现象，论证资本主义制度的合理性，从而形成了其庸俗进化论的社会政治思想。按照其社会进化论思想，斯宾塞指出，各个时代的教育制度都是随着与其共存的各个时代社会形态的变化而变化的，“旧教育的一套，从它的迷信的教条，严酷的纪律、烦琐的禁令、虚伪的禁欲主义以及对人为措施的信仰各方面，都同当时的社会制度接近；同样的，我们现代的培养方法在与上述相反的措施中就同我们比较开明的宗教政治制度相适应”。
斯宾塞还依据其社会进化论思想，概括出包括人类社会在内的一切事物进化发展的“普遍规律”：集中→分化→平衡（确定、普遍和谐），认为宗教、政治和教育信仰的进化也应遵循这一“普遍规律”；开始是权威的统治（集中），然后是权威的衰落（分化），最后是形成整套正确的、完整的主张（平衡）。而资本主义社会正是处于最美好的“平衡”阶段。斯宾塞还通过这一“普遍规律”提出了他的“社会有机论”。认为社会的职能也像生物有机体一样，通过各个器官的功能的平衡协调来保证整个机体的平衡、协调，因而，社会分工是必要的，是社会机体正常运转的根本保证。在生物机体上具有提供、分配与调节营养的各类器官及其机能，相应地，在社会有机体上，也必须具有担负各种职能的不同阶层：工农大众形同人手，担负社会的营养职能；商人形同人之胃肠，担负社会的分配、调节与交换职能，资产阶织统治者则形同人之神经系统，担负社会之支配职能。正像生物机体之各个器官各安其就，统一于一体一样，社会各阶层也应各安其旧，亲密合作，不相僭越。不然，必会引发社会动乱。