根据《建设项目环境管理保护条例》规定，对试生产建设项目配套建设的环境保护设施未与主体工程同时投入试运行，或者建设项目投入试生产超过3个月而未申请环境保护设施竣工验收的，由审批环评文件的环保部门责令限期改正或办理环境保护设施竣工验收手续；逾期不改正或未办理的，责令停止试生产，可以处5万元以下的罚款。
建设项目需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者经验收不合格，主体工程正式投人生产或者使用的，由审批环评文件的环保部门责令停止生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。
案例3.7
2008年l2月某铁路客运专线全线贯通，2009年10月经某省环保厅同意投入试运行，但试运行期间其配套建设的环保设施一直未申请环境保护部验收。2010年11月，环境保护部向该客运专线运行公司发出“改正违法行为决定书”，要求该工程必须在201 1年3月底之前通过环保验收，否则将责令该客运专线停止使用。该客运专线运行公司认为，该工程是连接京沪铁路的繁忙干线，一旦停止使用、中断运输，将给国家社会、经济、国防造成重大损失，旅客出行受阻影响社会稳定。因此拒绝执行环境保护部发出的改正违法行为决定书。
讨论：本案应当如何处理？