如上所述，公文处理工作是机关日常工作的一个重要组成部分，它是直接为机关的领导工作、业务工作服务的，是机关行使职权、沟通信息、处理问题、办理事务的一项重要工作。然而，由于公文处理工作本身的特点，它不是机关的一项专门业务职能，也不只是机关内部某一组织某一部门的业务，而是涉及整个机关各个机构、各个部门的工作。所以，就一个机关而言，它的公文处理工作就不可能像机关的人事、财务等职能部门一样，设立某一个职能机构负起全部责任，或者自上而下地形成一个垂直领导的独立组织体系。各机关的公文处理工作通常都纳入机关的综合性办事机构，也就是机关的办公室、秘书处、秘书科的工作范围之内。各机关公文处理工作的机构的设置，视机关规模的大小、工作任务的繁简、公文数量的多少，大体上分成以下几种情况：
1.对于一些较大的机关来说。由于他们的公文处理工作任务比较繁重，而且某一些环节又具有专门的业务技能，所以可以考虑设立专门的机构，归机关的办公厅（室）领导。比如，公文处理工作的主要部分由机关的办公厅（室）负责，其下边可以设立文书处（室）、信访处（室）、机要室、打字室、印刷厂、收发室、通讯科等公文处理工作机构。这些主要担负公文处理工作的机构，通常被称为文书处理部门，而相对地将机关内其他业务职能机构称之为承办单位或办文部门。
必须指出，在这些设有专门公文处理工作机构的机关，除了上述主要担负公文处理的机构以外，机关的领导和其他业务职能部门，也需要承担一些公文处理工作。例如，拟稿、核稿、签发、阅办、归档文件整理工作等等。
2.对一些较小的机关，或者基层单位来说。由于他们在工作活动中形成的文件数量比较少，就没有必要设立专门的公文处理工作的机构。它们一般只要在办公室设一两个专职或者兼职的文书工作人员也就够了。
3.对一些企业单位来说。一般的大中型企业都在办公室内设文书科或秘书科等公文处理的工作机构，来进行日常的企业公文的处理工作；而小型企业则只在办公室内设专、兼职的文书工作人员就行了。