公文处理工作与档案工作不同，它没有一个全国性的领导机构对全国各地、各系统、各机关的公文处理工作进行垂直领导和指导。
一般地说，公文处理工作的领导、指导关系可以从以下几个方面进行分析：
1.从全国来说，由中共中央办公厅、国务院办公厅分别负责领导和指导党和政府系统的文书工作。它们主要是通过制定、颁发有关的条例、制度和办法，做出有关的指示和决定，负责召开有关的会议等形式、途径对公文处理工作进行领导，以及进行业务上的指导。如国务院办公厅修订发布的《国家行政机关公文处理办法》、中央办公厅发布的《中国共产党机关公文处理条例》、国家技术监督局发布的中华人民共和国国际标准《国家机关公文格式》等。
这些关于公文处理工作的重要规范性文件，全国各级党政部门的文书工作机构都要照办执行。
2.从一个机关来说，它的公文处理工作是由本机关的秘书长或办公厅（室）主任负责领导。其主要职责是：
（1）对本机关公文处理工作的任务和公文处理的组织工作，提出全面的工作计划和实施方案。
（2）总结本机关及其所属单位公文处理工作的经验，推广先进典型，发现问题，及时纠正，并提出改进的意见和办法。
（3）设计文书规格，促进机关公文处理工作的规范化、标准化，组织印制机关公文规范化、标准化所需要的公文表格、公文版头、公文稿纸、公文处理签等，并组织购置公文处理工作所需要的设备。
（4）指导、帮助机关各部门专职、兼职文书工作人员的业务工作。
（5）制定机关公文处理工作规范的有关规章制度，并对执行情况进行检查、监督和协调。
3.从上下级机关的关系来说，上级领导机关的办公厅（室）负有责任对其所属的机关、单位的公文处理工作进行业务指导。比如：国家教育部作为一些部属重点高校的上级领导机关，其办公厅就有责任对所属高等学校的公文处理工作进行业务上的指导。
4.从机关主要业务职能部门来说。机关的业务职能部门可责成一名秘书分工负责本部门、本单位的公文处理工作。其主要职责是：
（1）负责本部门、本单位同机关办公厅（室）、档案室的联系，在本部门、本单位传达、贯彻有关公文处理的工作事项。
（2）在本部门、本单位负责人的领导下，全面负责本部门、本单位公文处理工作组织，对本部门、本单位的公文处理工作的质量、效率和效益，进行检查、总结，学习先进经验，发现问题，及时纠正。
（3）拾遗补缺，负责做好本部门、本单位公文处理工作中他人遗忘、不周到、应当补做的工作。
5.对机关档案部门来说，机关档案部门所开展的档案业务工作和公文处理工作具有密切的关系，它对机关的公文处理工作也负有一定的指导责任。其主要职责是：
（1）协助机关办公厅（室）在公文整理归档等业务方面，对机关各部门的文书工作人员进行帮助和指导。
（2）同机关办公厅（室）以及其他公文处理工作部门共同制定本机关的公文处理工作以及归档文件整理工作等方面的规章制度。
（3）从有利于开展档案工作的角度，对本机关的公文处理工作提出合理的建议。