归档文件的整理的基本原则是：遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系，区分不同价值，便于保管和利用。
《规则》对归档文件整理原则的这一表述，同1984年《档案工作》杂志发表的《关于立卷问题讨论的综述》中指出的公文立卷的原则“保持文件之间的历史联系，区分保存价值，便于保管和利用”是一致的。也就是说，归档文件整理的这一重要原则，是我国文书档案工作者经过长期的工作实践探索总结出来的，是比较准确、完整、科学的。它是我国公文立卷以及现在提的归档文件整理工作所必须遵循的基本原则。这一原则的基本点是：
1.遵循文件形成的规律，保持文件之间的有机联系。文件在形成过程中总有其自身的规律，每一个机关，在工作活动中形成的文件材料，记述和反映了这个机关的全部活动和全部历史。同时任何一个机关的工作活动都不可能是孤立地进行的，必须同自己的领导机关、下级机关以及其他有关机关发生上下左右、四面八方、多种多样、错综复杂的联系。在一个机关内部的各个部门之间，各项工作之间，以及每项工作各个发展阶段之间，也都有着密切的联系。机关工作活动的客观规律，决定了文件材料的形成规律，文件材料是反映机关工作活动的历史记录。机关工作活动的相互联系，也赋予了这些文件材料之间的密切联系。这种联系是客观地、历史地、自然地形成的，是必然的历史联系。
例如：进行某项工作，一般要有工作计划、工作计划决定下来之后还要上报、下达，在了解工作进展情况过程中遇到的问题需要研究解决，或向上级请示，或提出解决意见，直到工作的最后完成。这些工作的进行直至完成要形成一系列的文件材料，如工作计划、报告、通知、请示、批复、工作总结等；召开一次会议，要有会议通知、日程安排、名单、报告、总结、会议简报、会议记录、会议纪要或决议等；它们如实地记述和反映了开展一项工作，召开—次会议的全过程，在进行文件整理时，不能将它们打乱。必须遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系，按照《规则》的有关规定将文件按“件”进行装订。装订时应注意其排列顺序的科学性（如正本与定稿，正本在前，定稿在后；来文与复文，复文在前、来文在后）。在进行分类时，应遵循文件的形成规律，将归档文件按不同年度、不同保管期限、不同机构（或问题）分开。在进行排列时，应根据“事由原则”结合时间、重要程度进行，即将同一事由形成的文件排列在一起。会议文件、统计报表等成套性文件则集中排列，使文件材料之间的有机联系得以充分体现。
为了更好地保持文件之间的历史联系，进行归档文件整理的人员要熟悉本机关的工作性质、职能、组织机构、文件来源以及处理情况。在整理时，要认真分析文件之间的内在的、有机的联系，只有这样，才能使归档的文件正确地反映机关工作活动的基本面貌，反映各项方针、政策在本机关的贯彻执行情况和各项工作的发展过程，才能使归档文件成为本机关本系统的历史记录。
2.区分文件的不同保存价值。
文件的保存价值是由文件本身固有的内在的各种因素决定的，文件内容的重要程度不同，所起的作用不同，保存价值也就不同。
一般说来，凡是反映社会历史发展和记录机关主要职能活动、反映机关基本历史面貌的重要文件，例如，本机关发出的指导性文件，会议通过的决议性文件，重要的请示或报告文件，上级机关颁发的属于本机关主管业务并需要贯彻执行的重要文件，下级机关报送的有关方针政策性和重要问题的请示、报告等，所起的作用和保存价值就必然要大一些；而机关工作活动中所形成的一般性文件，通知、便函、机关之间一般往来公文等，所起的作用和保存价值相对而言要小一些，有的根本就没有保存的价值。此外，文件制发机关（即法定的作者）的地位、作用不同，反映其工作活动和表达的思想、意图的文件保存价值也不同；文件的正本、副本、定稿、草稿等反映了文件的形成过程和不同作用，标志着不同的可靠程度，其保存价值往往也不同。以上这些不同保存价值的文件材料在整理（立卷）时必须严格加以区分。
区分文件的保存价值，应依照《机关档案归档与不归档的范围》和《文书档案保管期限表》等有关规定进行。
在进行归档文件整理时，将不同保存价值的文件材料区别整理，可以合理使用人力、物力、财力和时间，对不同保存价值的文件进行整理后按其保存价值相对集中，使其玉石分明，也为日后档案馆的整理工作打下了基础。
3.便于保管和利用。
便于保管和利用，是归档文件整理的根本目的，也是衡量归档文件整理质量的重要标准。归档的文件是否便于保管和利用，不仅关系到机关各项工作的开展，而且关系到机关档案室、各级档案馆工作有无可靠的基础和保证。《规则》推行文件级管理，正是从便于保管和利用这一原则出发的。过去，在手工模式下实现档案管理和查找作用，“立卷”也是一种很好的方式，它按照一定的逻辑关系，将归档文件组合成一个个案卷，并通过层层目录来提供检索途径，从而限定了检索范围，增强了手工检索的效率。但立卷过程比较复杂，组合案卷和拟定案卷标题等环节立卷人员很难掌握。而《规则》以“简化整理、深化检索”为宗旨，取消“案卷”，推行文件级管理，大幅度简化了整理中的手工操作，同时也为档案的保管和利用提供了有利条件。归档文件以“件”为单位进行整理、分类、排列和编目，在计算机的参与和操纵下，加快了检索速度，方便了利用者，大大提高了档案利用率，利用的深度、广度、查全、查准以及利用效果也将得到极大提高。