机构（问题）分类法是指将文件按其形成或承办机构（问题）进行分类。这种分类法的实质就是根据本单位内部机构的职能性质或文件内容所说明的问题来设置类别。又可分为机构分类法和问题分类法两种。
①机构分类法。机构分类法是按文件形成和处理的承办单位进行分类。原则上是一个机构设置一个类，机构名称就是类名。各类的次序可按照立档单位机构序列表的规定或习惯上的顺序来排列。一般是将领导机构、综合性机构排在前，再依次排列各业务部门。
归档文件采用机构分类法进行分类能够体现出全宗内文件在来源方面的客观联系，从而反映出立档单位的历史面貌；同时由于每个机构都有其特定的职能与任务，按机构将归档文件分类可在一定程度上集中反映某一方面的工作内容，便于档案的查找和利用。
采用机构分类法时不能同时采用问题分类法。
②问题分类法。问题分类法是按文件内容所说明的问题将归档文件分类。按问题分类要求各类特点明确，不能互相包容。问题分类法的类别与类名，原则上设置为“党群工 作”、“行政工作”、“业务工作”等类。
归档文件采用问题分类法，可以避免或减少同类问题文件分散的现象，便于按专题查找和利用档案。但问题分类法在实际操作时，受人为因素的影响较大，不便划分。因此，一般基层单位较少采用。
采用问题分类法时，不能同时采用机构分类法。