归档文件的编目是指编制归档文件目录。
《规则》指出：“归档文件应依据分类方案和室编件号顺序编制归档文件目录”。
编目是归档文件整理工作的重要内容之一，也是其他各种编目工作的起点和基础。编制归档文件目录，实现了归档文件从一次文献向二次文献的初步转化，为档案的保管、鉴定、检索统计和编研等工作的开展提供了基本条件。
编制归档文件目录必须按照分类、排列的结果、逐类、逐件地编制，以系统全面地揭示归档文件的全貌。
归档文件目录由归档文件目录封面、归档文件整理说明和归档文件目录三部分构成，并应装订成册。
（1）归档文件目录封面的内容应包括：全宗名称、年度、保管期限、机构（问题）等项目。其中全宗名称应使用全称或规范的简称，其他项目则根据目录编制成册的具体方式选择设置并填写。封面用纸幅面采用国际标准A4型（长x宽为297mmX210mm）。
（2）归档文件整理说明的内容应包括：本年度归档单位概况，内设机构以及党、政主要领导人变化情况，本年度文书档案整理归档情况等。
（3）归档文件目录的内容包括：件号、责任者、文号、题名、日期、页数、备注归档文件目录的具体填写要求是：
①件号：填写室编件号。
②责任者：是指制发文件的组织或者个人，即文件的发文机关或署名者，而不是承办、办理或撰写该文件的组织机构名称。责任者一般应按文件照录。责任者可写通用的简称，但不能使用“本局”、“本部”、“本单位”等含义不明，难以判断的简称。联合发文有三个以下责任者，一般应同时标出，责任者过多时可适当省略，但本单位必须照录，以体现“以我为主”的精神。对于领导人讲话或以领导人名义发布的文件，责任者可填写领导人姓名。对有些未署责任者的文件材料，编目时应考证清楚后再填写。
③文号：是指文件制发机关的发文字号。文号一般由机关代字、年份和序号三个部分组成。填写文号要照实抄录。三个部分齐全，不能省略。文号栏内不得填写刊物名称、期次、会期或文件材料件次，如有上述内容，则应填写在题名栏内。
④题名：指文件的标题。文件标题是对文件主要内容准确、简要的概括和提示，是归档文件内容的起点，一般应照实抄录，不得省略或变更。
在抄录文件题名时应注意的问题是，对于无题名或题名含义不能全面揭示文件内容的归档文件，应根据文件内容重新拟写或补充题名，并外加“[ ]”以示区别，例如“x x省教育厅关于转发教育部〔2002〕24号文件的通知”，这份文件标题没有提示文件的主要内容，如照实抄录，则给以后的检索利用增加难度，因此，在归档时应根据文件内容重新拟写题名为“[xx省教育厅转发《国家教育部关于加强学籍管理的几点意见》的通知]”；会议记录需拟写题名时，应写明会议的时间和主要内容；有正题名（主标题）和副题名（副标题）的文件材料，正题名能反映文件内容时，副题名一般无须抄录，当正题名不能反映文件内容时，则抄录副题名；有些文件的标题仅有文件名称如“通知”或“便函”一类的，应根据其内容重新拟写标题；机构设置、人员任免、表彰先进等文件只填本机关和本机关的人名；此外，有些归档文件的附件独立性强，如正文仅有实施意见，附件则是具体的条文规则，或者附件是正文的重要补充和说明，在这种情况下，如将正件，附件作为一件进行整理时，应在正件题名后抄录附件题名，外加“（ ）”号，如“关于加强我校校园管理的决定（附：xx大学校园管理规定）”。
⑤日期：指文件的形成时间。它是文件的重要特征之一，反映文件产生的时代背景，是查找档案的常用途径，填写时应以8位阿拉伯数字标明年、月、日，如2003年9月9日，其标准格式为：20030909.对没有落款日期的文件材料，应根据文件内容考证清楚并填写。
⑥页数：以件为单位填写总页数，用于统计和核对。
计算页数时，以文件中有图文（指与文件内容相关的文字、图表等）的页面为一页，空白页不计数。大张文件或图表的折叠页一张只能计一页。来文与复文、正本与定稿、收文处理单与文件等作为一件时，统计页数应将构成该件的各文件页数相加，作为该件的总页数。
需要说明的是，《规则》只提出对每一份归档文件要填写页数，但对文件材料是否重新编页号的问题并未作具体要求。一般说来，编页号可以固定文件的位置，便于统计和查找。在实际操作上，对那些永久、长期保存的文件材料还是编页号为好。具体作法是：以“件”为单位按页次顺序编流水号，一般每页编一个号；两面有字的两面编号，正面编在右下角，背面编在左下角；印刷件能利用原页号的，可不再编号，“件”内有底稿的应接着编号；折叠的图表、小张的介绍信、卡片等应每张编一个号。
⑦备注：用于填写归档文件需要补充和说明的情况，包括缺损、修改、补充、移出、销毁等等。需要说明的内容较多，备注栏难以填写时，可在备注栏中加“*”号，然后将具体内容填入备考表。
归档文件目录各项填写完毕以后，应将归档文件整理说明加上归档文件目录封面一起装订成册。并填写封面上的有关项目。全宗名称填写本单位的全称或规范的简称，年度填写档案的形成年度，保管期限填写本册内的保管期限，按机构分类的填写机构的名称，按问题分类的填写问题的名称。
归档文件目录一年装订成一本，亦可每年区分保管期限装订成三本，或每年区分机构（问题）装订成若干本。归档文件目录—般要打印三份，其中一份随文件入盒，一份随归档文件向档案馆（室）移交，一份留存以备查考。