1、中央机构
全国高等教育自学考试指导委员会（简称“全国考委”）：是全国高等教育自学考试工作的领导机构，负责全国高等教育自学考试工作。全国考委委员是由教育部、发改委、中组部、中宣部、财政部、劳动部、人事部等部门的负责人，军队和有关人民团体的负责人，部分高等学校的校（院）长、专家、学者组成。
教育部高等教育自学考试办公室是教育部设立的自学考试工作管理机构，该机构同时作为全国考委的日常办事机构。
高等教育自学考试专业委员会：全国考委根据工作需要设立若干专业委员会或专家小组，负责拟订专业考试计划和课程自学考试大纲，参与编写和推荐适合自学的高等教育教材，对本专业考试工作进行业务指导和质量评估。各专业委员会或专家小组由本专业水平较高的专家学者组成。
全国教育考试暨自学考试研究委员会：由国内有关教育行政、教育学、教育测量学、教育统计学、考试管理等方面的专家、学者组成，是自学考试政策、业务研究的咨询机构。
2、地方机构
各省（自治区、直辖市）、地（市）设有高等教育自学考试委员会，在当地人民政府领导和上一级高等教育自学考试委员会指导下进行工作。各级教育行政部门设立高等教育自学考试办公室，管理自学考试日常工作。
3、主考学校
由省考委遴选专业师资力量较强的全日制普通高等学校担任。主考学校在高等教育自学考试工作上接受省考委的领导，参与评卷、助学活动，负责推荐专家参与自学考试工作，负责有关实践性学习环节的考核，在毕业证书上副署。北京大学等501所全日制普通高等学校承担了高等教育自学考试主考学校的任务。
4、解放军自学考试
1996年，经全国考委批准，解放军总政治部成立了全军自学考试委员会，负责军队自学考试工作，开设了军需管理、军械管理、航空工程机务维修、军事高科技应用与管理等专科和本科专业。部队自考学历国家承认。但是部队自考考试科目无法和地方自考相对接。如考生参加部队自考，离开部队时尚未毕业，应与报考的部队主考院校联系，解决后续学习及办理毕业手续等问题。