9月23—26日 1999年下半年自治区高自考汇总工作会议在呼市召开。会议传达和学习了自治区招考中心和自治区教育委员会联合下发的[1998]4号文件《关于加强全区高等教育自学考试巡视工作的通知》，部署了下半年的考试工作。
9月30日 自治区自考办转发教育部高等教育自学考试办公室《关于与新华社〈半月谈〉杂志合作对考生进行时政教育有关事项的通知》。
10月11日 自治区自考委、自治区教育委员会联合下发《关于表彰高等教育自学考试先进集体和先进个人的通知》。共授予呼市招生考试管理中心等17个单位"全区高等教育自学考试先进集体"称号，授予杨松柏等39名同志"全区高等教育自学考试工作先进个人"称号。
10月30—31日 1999年下半年全国高等教育自学考试进行，我区共有报考人数141129人，363400科次。
同日 自治区自考委印发开考"计算机网络（独立本科）、建筑工程（独立本科）、临床医学（独立本科）、教育学（独立本科）、预防医学（专科）"的批文，以上专业从2000年上半年开考，主考院校分别为内蒙古大学、内蒙古工业大学、内蒙古医学院、内蒙古师范大学、包头医学院。
11月初 为献给我区自学考试开考15周年纪念，由内蒙古人民出版社出版的《自学考试指南》一书发行。该书收录了15年来国家和自治区制定的一系列自学考试政策法规和指导性文件，以及最新的自学考试专业目录和考试计划，是各级自考管理部门、高等院校、社会助学单位和考生必备的工具书。
12月2日 自治区自考办与自治区信息化工作领导小组办公室联合下发《关于合作开考计算机网络专业（独立本科段）实行学历和专业双证书考试的通知》，指定内蒙古大学为我区该专业的主考学校。
12月22日 自治区开考"农学"（本科）专业，2000年上半年开考，主考学校为内蒙古农业大学。