考生申请转考程序分为三种情况：
省内转考：考生必须在首次报考地点参加考试。如果考生因为户口迁移、工作变动等需要转移考试地点的，须经原所在的考试县（区）报考办批准，填写转考申请单后，持原准考证和转考申请到转入地招考办报名参加考试。一名考生只配给一个准考证号。准考证丢失的考生在当地招考办按原准考证号补办准考证。
转往外省：考生必须持准考证到原所在考试县（区）招考办提出转考申请，填写转考申请单，转考材料由县（区）招考办逐级上报，由省自考办审核后，通过机要部门邮往转入省自学考试办公室。
外省转入：外省转入吉林省的转考材料，省自考办收到后随即登录到吉林自学考试信息网上，各级招考办对转考的审批也在网上进行。外省转入吉林省的考生必须到准备参加考试的县（区）招考办申请落籍，县（区）招考办为考生办理落籍手续，给考生安排新的准考证和专业代码。
国家承认学历的全日制普通高等学校和经国家教育部批准或同意备案的成人高等学校的研究生、本科毕业生、专科毕业生以及高等教育自学考试的毕业生，如参加高等教育自学考试第二专业，均可按照《吉林省自学考试课程免考实施细则》的规定免考相应的课程。
要求免考的考生必须在规定的时间内向所在市（州）自学考试办公室提交免考申请，并提交正本证明材料（包括毕业证和由原毕业学校教务部门出具的包括课程名称、学分或学时、考试成绩的学籍登记表），填写《吉林省自学考试课程免考报名登记表》。课程免考申请由市（州）自学考试办公室依据《吉林省考试免考实施细则》进行初审，初审合格后分别于每年的3月和9月的第二周将有关材料递交吉林省自学考试办公室继续审批。