自学考试毕业证书遗失后，不能补办，只能由江苏省教育考试院开具毕业证明。具体流程如下：
一、在市级大报（如常州日报、晚报）登报申明，内容应包含：证书编号、专业名称、姓名、毕业时间、毕业学校。
二、登报三个月后，来市考办。同时带好申请一份（单位盖印）。申请内容大致与登报内容一致，带有申明内容的报纸一份（整张报纸），另外还需要交两张2寸浅蓝色背景的标准证照和身份证复印件。