特别行政区直接隶属于中央人民政府，中央与特别行政区的关系是一个主权国家内中央与地方关系。
特别行政区的法律地位相当于我国的省、自治区、直辖市，高度的自治权来源于中央的特别授权，并受中央人民政府的直接领导。