根据所收费用使用的目的不同，自然保护费可以分为直接用于自然保护的收费和间接用于自然保护的收费两大类。
（1）直接用于自然保护的收费
直接用于自然保护的收费主要包括与森林、草原与野生动物相关的收费等三个方面。
《森林法》规定了育林费、森林植被恢复费以及森林生态效益补偿基金。育林费专门用于造林育林；森林植被恢复费属于政府性基金，用于林业主管部门组织的植树造林、恢复森林植被，包括调查规划设计、整地、造林、抚育、护林防火、病虫害防治、资源管护等开支；中央森林生态效益补偿基金的补偿范围为国家林业局公布的重点公益林林地中的有林地，以及荒漠化和水土流失严重地区的疏林地、灌木林地、灌丛地。
《草原法》规定了草原植被恢复费，因建设征用或者使用草原的应当交纳草原植被恢复费。草原植被恢复费由草原部门按照规定用于恢复草原植被。
《野生动物保护法》规定了野生动物资源保护管理费，用于野生动物资源的保护管理、资源调查、宣传教育、驯养繁殖、科学研究。其中，陆生野生动物资源保护管理费由省级以上林业部门向经批准出售、收购、利用的国家一、二级保护野生动物或其产品的供货方收取。
（2）间接用于自然保护的收费
间接用于自然保护的收费主要包括《土地管理法》规定的耕地开垦费与土地复垦费、《水法》规定的水资源费、《渔业法》规定的渔业资源增殖保护费、《矿产资源法》规定的矿产资源补偿费等。