高等教育自学考试专业设置有专科和本科两个层次，在专业考试计划中又分为专科、本科（专、本衔接，分为基础科段和本科段）、独立本科段三种类型。
专科专业（A）：总体上与普通高等专科学校同类专业的水平相一致，专业的考试课程不得少于16门，并完全按照专科要求设置课程，总学分数不低于70学分，其中理论课考试课程门数一般不少于15门。专科专业具有一定的针对性和应用性，理论知识以“够用为度、保证必需”，强化实践技能的训练和考核。
独立本科段（B）：是为各类高等教育形式专科毕业生继续学习而设置的本科学历层次专业，总体上与普通高等学校同类专业本科的水平相一致，专业理论考试课程一般为12门左右总学分数不低于70学分。
本科（专、本衔接）（C）：总体上与普通高等学校本科同类专业的水平相一致。本科分为两段，即基础科段和本科段，其课程全部按本科要求设置，基础科段可直接与本科段衔接。本科累计总学分数为126分左右，理论考试课程一般不少于22门；其中，基础科段的学分数不得低于70学分，理论考试课程一般不少于13门，全部通过基础科段课程考试后，可按规定颁发专科毕业证书。