文凭考试与自学考试同属于国家学历认定考试，但这两种考试有不同的地方。
（一）考试对象不同：文凭考试的对象只限于文凭考试试点学校的学生；自学考试的对象没有限制，可以是自学者，也可以是社会助学机构的学生。
（二）考试学历层次不同：文凭考试目前只有高等教育专科层次的考试；自学考试既有专科层次的考试，也有本科层次的考试。
（三）教学计划以及考试计划有所不同：文凭考试专业教学计划中的理论教学课程分为全国统考课、省市统考课和学校考试课三部分，分别由教育部、省市教育行政部门和学校组织编写教学大纲，每个专业全国和省市统考课为10门，约占教学计划所设理论课程的70％，其余30％的理论教学课程以及实验课和实践性教学环节在省市教育行政部门和省市考办的监督下，由学校负责考试；自学考试专业考试计划和课程自学考试大纲均由教育部考试中心制订，各门课程的考试均由考试机构负责组织施行。