在每年毕业申请时，有一些考生因课程顶替问题而无法确认毕业资格。北京教育考试院自考办有关负责人介绍，专业计划课程调整后，现执行期的课程只能与上一执行期衔接。
考生判断自己取得的成绩是否有效，要按照“ABC”原则进行确认。假如考生已经取得A课程的合格成绩，后来B课程在考试计划中取代了A课程，A课程与B课程分属于相邻的两个计划执行内，A课程的成绩此时就可以顶替新设置的B课程，因而继续有效。如考试计划再次变化，B课程又被更新的C课程所顶替，A与C课程分属的计划执行期并不相邻，则A课程的成绩就不能继续使用。
面临课程衔接的考生要在毕业申请前确认自己的课程成绩是否仍然有效，但是考生要注意一些新旧课程顶替的特殊关系。个别课程名称、代码调整为C课程，但实质上和B课程的教材、大纲、学分一样，这样的课程应和A有顶替关系。目前这种课程共有9门：操作系统=操作系统（一）可替代A课程，数据结构=数据结构（一）可替代A课程，离散数学=离散数学（一）可替代A课程，软件工程=软件工程（一）可替代A课程，数据库原理=数据库原理（一）可替代A课程，法理学=法理学（一）可替代A课程，宪法学=宪法学（一） 可替代A课程，金融法=金融法（一）可替代A课程，婚姻家庭法=婚姻家庭法（一）可替代A课程。另外，护理专业（本科）妇产科护理学（一）、外科护理学（一）、儿科护理学（一）等3门课程2001年的考试成绩可以替代现计划中的妇产科护理学（二）、外科护理学（二）、儿科护理学（二）的成绩，语文、大学语文、大学语文（4学分）、大学语文（6学分）、大学语文（专）、大学语文（本）、大学语文（全国）等旧课程均可顶替现在的大学语文（4学分）。