机关之间的隶属关系和职权范围是确定行文关系的重要前提，也是制定行文规则的重要依据。在同一组织系统的上下级机关之间是相隶属关系，即领导与被领导关系。上下级业务部门之间是业务指导与被指导关系作用。
机关和机关内部各部门都必须正确掌握发文的权限，凡是事关全局的方针政策性问题，必须加强统一领导，只能以机关的名义发文；凡是属于业务部门主管职权范围内的日常业务性工作应该以职能部门的名义发文，这样可以减少领导机关签发文件过于集中，同时又有助于发挥各个业务部门的职能作用；凡不相隶属的机关、部门之间，均不应以领导、指导和被领导、被指导的身份行文。比如，对不同系统的机关，没有领导、指导关系，就不能发布、命令、指示、决定等领导性文件，也不能发出请示、报告等请求给予领导、指导的文件。
同一系统的上下级业务部门之间，仅有业务指导关系，没有隶属关系，下级机关的重大问题，应该向上级领导机关请示，属于日常业务问题可以由上下级机关的业务部门直接行文联系解决，上级业务主管部门除根据授权和有关规定以外，一般不能直接对下级领导机关行文。
在同一组织系统的同级机关之间或不同组织系统的各机关之间是平行关系或不相隶属关系。在这些机关之间，凡告知事项、联系工作、询问或答复问题、商洽业务等，不管工作何等重要，都只能以函件相互行文。