高等教育学历文凭考试与高等教育自学考试都是学历认定考试，同属于国家考试，但这两种考试也有不同的地方。主要体现在以下几点：
（一）考试对象不同
文凭考试:只限于文凭考试试点学校的学生。
自学考试:没有限制，可以是自学者，也可以是社会助学单位的学生。
（二）考试学历层次不同
文凭考试:目前只有高等教育专科层次的考试。
自学考试：既有专科层次的考试，也有本科层次的考试。
（三）教学计划（考试计划）不同
文凭考试：专业教学计划中基础理论课程以必需够用为度，突出专业和职业技能训练，加强实践性教学环节。专业教学计划中课堂理论教学课程门数不少于15门。
专业教学计划中的理论教学课程分为全国统考课、省市统考课和学校考试课三部分。分别由国家教育部、省市教育行政部门和学校组织编写教学大纲。每个专业全国和省市统考课为10门，约占教学计划所设理论课程的70％，其余30％的理论教学课程以及实验课和实践性教学环节在省市教育行政部门和省市考办的监督下，由学校负责考试。
自学考试：考试计划中各门课程考试大纲均由国家考试机构负责编写，并且各门课程的考试均由考试机构负责组织施行。
（四）考试时间不同